El informe señala que junto con la deslegitimación institucional originada por el golpe de Estado, se han producido graves violaciones a los derechos humanos, incluyendo muertes, declaración arbitraria del estado de excepción, represión de manifestaciones públicas a través de un uso desproporcionado de la fuerza, criminalización de la protesta social, detenciones arbitrarias de miles de personas, tratos crueles, inhumanos y degradantes y malas condiciones de detención, militarización del territorio, aumento de las situaciones de discriminación racial, violaciones a los derechos de las mujeres, restricciones arbitrarias al derecho a la libertad de expresión y graves vulneraciones a los derechos políticos.
La CIDH también comprobó la ineficacia de los recursos judiciales para proteger los derechos humanos. Las violaciones a los derechos a la vida, integridad personal, asociación, libertad personal, garantías judiciales, libertad de expresión, a los derechos políticos, a los derechos de las mujeres y grupos minoritarios se vieron exacerbadas por la falta de una institucionalidad que permita canalizar las denuncias, investigar los hechos, sancionar a los responsables y reparar a las víctimas.
Los sectores de la sociedad hondureña que condenan el golpe de Estado
manifestaron a la CIDH su temor a sufrir represalias por parte de los agentes de seguridad y su desconfianza en el actuar de las instituciones que no han condenado enérgicamente la ruptura de la institucionalidad democrática y se han mostrado inactivas frente a las denuncias de conocimiento público. Las autoridades de facto y la Corte Suprema de Justicia de Honduras niegan sistemáticamente la existencia de esas violaciones, circunstancia que se traduce en una situación de inactividad y tolerancia que facilita la repetición de estos hechos de manera impune.
Los órganos del sistema interamericano de derechos humanos han sostenido en reiteradas oportunidades que el sistema democrático es la garantía principal para la vigencia de los derechos humanos. En efecto, el informe se desprende que las violaciones a los derechos humanos que se denuncian son consecuencia directa de la ruptura del orden constitucional. La Comisión condena que pese a los esfuerzos de la comunidad internacional no se haya permitido el regreso del Presidente Zelaya a la Presidencia de Honduras. Por ello, la Comisión considera que el retorno a la institucionalidad democrática en Honduras es necesario para que se den las condiciones para la efectiva protección y cumplimiento de los derechos humanos de todos los habitantes de ese país.
La CIDH es un órgano principal y autónomo de la Organización de los Estados Americanos (OEA), cuyo mandato surge de la Carta de la OEA y de la Convención Americana sobre Derechos Humanos. La Comisión está
integrada por siete miembros independientes que se desempeñan en forma personal, que no representan a ningún país en particular y que son elegidos por la Asamblea General de la OEA.
